南京轨道交通集团控股多家公司。

职能机构:建设处、合同法律部、总体规划部、投资规划部、机电处、人事部、财务部、办公室。

管理中心:技术中心、施工管理中心、运输管理中心、信息中心、资金中心、资产中心、培训中心。

旗下拥有运营子公司:上海地铁第一运营有限公司、上海地铁第二运营有限公司、上海地铁第三运营有限公司、上海地铁第四运营有限公司、上海磁浮交通发展有限公司。

有维保公司:上海地铁维保有限公司(含上海地铁维保有限公司车辆分公司、上海地铁维保有限公司供电分公司、上海地铁维保有限公司郝彤分公司、上海地铁维保有限公司工务分公司、上海地铁维保有限公司物流分公司、上海地铁维保有限公司物流中心、上海地铁维保有限公司计量中心)。