质押全部企业股份，同时抵押固定资产合法吗？

其实你的问题并不清楚。抵押的固定资产是否属于质押股权的企业，或者抵押的固定资产和质押股权是否属于你所指的企业。我需要你清楚地写下细节。

抵押的固定资产属于股权质押的公司:这种情况下，将固定资产抵押给银行是你所指企业的经济行为，将全部股权质押给银行是你所指企业股东的经济行为，法律并不禁止；此外，银行将分别审查两个不同申请人的贷款。所以两者并不冲突，也不存在违法的情况。

如果银行对固定资产行使质押权和拍卖权，质押的股权不就没了吗？

行使抵押权后，银行获得了抵押物:固定资产，拍卖权，质押股权依然存在。

银行行使质押权后，获得了质押物:股权，拍卖权，企业易主。

实际情况是，二次贷款的银行会根据具体情况考虑潜在的风险，再决定是否放贷，不管谁先贷。