三人公司，一个股东占48%的股份，怕是另外两个共同做出不利于那个股东的决议。可以在章程中设置“一票否决”吗？

你的目标不是通过。你可以在章程中规定，重大决策需要2/3以上股份的同意。2/3这个数字指的是上市公司章程，三人公司只能算是合伙企业。具体要咨询公司法或者咨询专业人士。