护照被船公司非法扣押怎么办？

可以要求对方归还护照；如果协商不成，可向法院起诉。护照属于个人的涉外身份证，公司没有理由扣押员工的护照。

根据《中华人民共和国护照法》的规定:

第二条中华人民共和国护照是中华人民共和国公民出入境和在国外证明国籍和身份的证件。

任何组织或者个人不得伪造、变造、转让、故意损毁或者非法扣留护照。

第十五条人民法院、人民检察院、公安机关、国家安全机关、行政监察机关可以依法扣押当事人的护照。

当事人拒绝交出护照的，前款规定的国家机关可以请求护照签发机关宣布当事人的护照无效。