三九药业和华润三九是同一家公司吗？

不是公司。根据艾奇的资料，三九药业是国有控股的医药上市公司，前身是深圳南方制药厂，而华润三九是大型国有控股的医药上市公司，前身是深圳南方制药厂，所以三九药业和华润三九不是同一家公司。