水利部发展研究中心机构设置
投资与统计研究室办公室(国际水资源研究室):主要负责行政、文秘、保密、监察、审计、外事管理等工作。人事劳动教育处(党办):主要负责人事、劳动、党务、纪检、精神文明建设、职工教育和离退休干部管理工作。计划发展部:主要负责项目申请审核、计划申报、组织协调、内部委托、内部招标、合同管理、进度管理、成果管理。财务部:主要负责国有资产和项目资金的管理。发展战略研究室:主要职责是组织开展水利与国民经济和社会发展的重大关系和重大问题、水利中长期发展战略、流域和区域水利发展、水利管理体制机制、水利可持续发展等方面的研究。在水利管理体制与运行机制研究、水利投融资机制研究、节水型社会建设研究、防汛抗旱研究、国际河流研究等领域具有突出的研究优势，并逐步开创保险、税收、规划方案等领域的研究。政策研究室:主要职责是组织水利改革发展综合政策研究，参与制定水利政策规划和实施方案，收集整理水利政策文件。研究优势体现在水利工程管理体制与机制、水资源管理体制、水利投融资机制、水权与水价、水土保持政策等方面的研究。特别是在水利工程管理体制和机制的研究方面，已经形成了一系列的研究成果。法律研究室:主要职责是组织开展水利法律法规研究，参与起草，参与制定水利法律法规和实施方案，收集、汇编水利法律法规。重点研究水利行业法规建设、水资源管理和分配制度、水权制度、农村饮水安全、移民安置和国际河流等方面，并在这些领域取得研究成果。
经济研究部:主要职责是开展水资源开发、利用、治理、配置、节约和保护等重大经济关系的研究，在水价、水权、水市场、节水型社会建设、调水工程水价、资金筹集和水资源管理体制与运行机制、流域管理体制与机制、城市水务体制与运行机制等研究领域具有优势。
综合研究室(国际水研究室):主要职责是承担重大综合水利问题的政策研究和决策咨询，负责起草综合水利报告和资料，组织国际水利合作对策和国际水利发展比较与跟踪研究，组织国内外综合水利信息的收集、整理和分析，承担水利发展形势的分析研究。投资统计研究室:主要职责是做好全国水利统计、投资和规划的支撑工作，负责经常性、基础性水利投资计划的具体业务工作，完成数据建库、数据上报、审核、汇总和编报年度水利统计年鉴、公报、摘要等任务，做好全国水利普查工作，承担投资计划精细化管理、水利统计分析预测等研究工作。
水利文献信息室:主要职责是承担水利文献信息系统项目的建设和管理；开展水利文献信息的收集、筛选、整理和分析，为水利政策研究提供信息支持；开展水利文献检索、查新、信息资源开发和咨询服务；开展中心信息化规划建设的相关具体工作。《水利发展》杂志:负责《水利水电技术》、《水利发展研究》、《中国水利发展报告》的编辑、出版和发行。北京中水润泽咨询有限公司是顺应水利政策研究与决策咨询市场发展和决策科学化、民主化要求而成立的现代咨询企业。公司秉承“科学、诚信、卓越、创新”的精神，致力于水利政策研究、水利水电信息和水利工程技术咨询业务，努力将公司建设成为水利行业知名的、有影响力的咨询机构。
北京元欣水利电力科技开发有限公司是水利部发展研究中心下属的全民所有制企业。主要提供网站网络维护、后勤保障、会议培训、人事服务等服务。，还考虑到项目开发、研究咨询等外部运营。公司下设:综合服务部、网络服务部、车辆服务部、物流服务部。