能不能开个空壳工程公司，给别的公司下命令去操作？

你这种情况，有没有空壳公司都无所谓。最好是直接与一家公司合作来赢得项目，然后再销售一些。但说实话，你叔叔是区长，我不建议你那样做。你会伤害他和你。空壳公司承接工程是违法的，建筑法要求必须具备相应资质，并经过合法的招投标程序。