是由股东会还是董事会“决定公司的借款、融资、担保、资产处置及关联交易”？

根据《公司法》第二十五条的规定，股东应当在公司章程上签字确认，所以很明显公司章程是股东之间的协议。公司章程是公司最有效的文件。在公司章程中规定由谁来决定投资担保等事项是一般原则，应该自由约定，这也是《公司法》第16条的规定所证明的。但是对于上市公司，证监会可能会有一些具体的规定，所以要由股东大会或者董事会来决定是否遵守他们的规定。

所以看你公司的性质，一般有限责任公司可以在公司章程中自行作出约定，只要不违反公司法律法规的直接禁止性规定(比如第38条明确规定部分权利在股东会)。