保险公司在审计过程中收取农业保险费是否违法？

这是违法的。如果保险公司套取农业保险费的行为违反了相关法律法规，则属于违法行为。根据《中华人民共和国保险法》等相关法律法规规定，保险公司收取保险费必须遵循公平、公正、合法的原则，不得以任何形式套取保险费。审计中发现保险公司套取涉农保费的，应当及时向有关部门报告，由有关部门依法处理。