问一下新三板股改后自然人股东的纳税问题。
问:有限责任公司转制为股份有限公司时，不涉及增资，投资人包括自然人、合伙企业和公司。这三类投资者分别涉及哪些税收？有限责任公司净资产包括实收资本5000万元，资本公积2亿元，盈余公积6543.8亿元，未分配利润3亿元。公司转为股份公司时，哪些项目会增加实收资本税务相关？如果盈余公积和未分配利润都转为资本公积，会不会涉税？
答:《公司法》第九十五条规定:有限责任公司变更为股份有限公司时，折合的实收股本总额不得高于公司净资产额。有限责任公司变更为股份有限公司时，以增资为目的公开发行股票，应当依法办理。
第一百六十八条规定:公司公积金用于弥补公司亏损、扩大公司生产经营或者转为增加公司资本。但是，资本公积金不得用于弥补公司的亏损。
法定公积金转为资本时，所留存的公积金不得少于转增前公司注册资本的25%。
目前，有限公司变更为股份有限公司的常见操作方式是，将有限公司经审计的账面净资产按照一定比例折算为股份有限公司的注册资本，账面净资产超过注册资本的部分计入资本公积。一般公司都要做一个评估，净资产的评估值一般略高于账面净资产。
(1)变更链接，公司股东涉税。
《国家税务总局关于实施企业所得税法若干税收问题的通知》(国[2010]79号)第四条规定，股息、红利等股权投资所得，应当确认:
企业从股权投资中取得股息、红利等收益时，应在被投资企业股东会或股东大会作出利润分配或转股决定之日确认收益的实现。
被投资企业将股权(票)溢价形成的资本公积转为股本的，不作为投资者企业的股息、红利收入，投资者企业不得增加长期投资的计税基础。《企业所得税法》第二十六条规定，企业的下列所得为免税所得:
……
(二)符合条件的居民企业之间的股息、红利和其他股权投资收益；
……
《企业所得税法实施条例》第八十三条规定，企业所得税法第二十六条第(二)项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等股权投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。企业所得税法第二十六条第(二)项、第(三)项所称股息、红利等股权投资收益，不包括居民企业连续持有公开发行并上市流通的股票不满12个月取得的投资收益。
根据上述规定，变更环节为居民企业的公司股东，有限公司股权(票)溢价形成的资本公积转增股本的，不作为投资者企业的股息、红利收入，不涉及企业所得税。有限公司将盈余公益金和未分配利润转为股本的，为投资者的股息、红利收入，符合条件的居民企业间的股息、红利等股权投资收入为免税收入。
(2)变更环节，自然人股东涉税。
《中华人民共和国国家税务总局关于股份制企业转增股本、派发红股免征个人所得税的通知》(国税发[1997]第198号)第一条规定，股份制企业从资本公积金转增股本不属于股息红利分配，个人取得的转增股本金额不作为个人所得，不征收个人所得税。
《国家税务总局关于原城市信用社转制为城市合作银行过程中个人股增值收入应缴纳个人所得税问题的批复》(国[1998]289号)第二条规定《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股免征个人所得税问题的通知》(国税发[1997]1998个人转让该股本取得的金额，不作为应纳税所得额征收。但不符合此的其他资本公积金应分配个人收入，应依法征收个人所得税。
《中华人民共和国国家税务总局关于进一步加强高收入者个人所得税征收管理的通知》(国税发[2010]54号)规定，加强企业注册资本、股本转让管理。对除股票溢价发行以外的未分配利润、盈余公积及其他资本公积转增注册资本和股本的，应按“利息、股息、红利所得”项目和现行政策规定征收个人所得税。
根据上述规定，股票溢价发行以外的其他资本公积转增股本的，按照“利息、股息、红利所得”项目和现行政策规定征收个人所得税。因此，有限责任公司变更为股份有限公司，资本公积转增股本，盈余公积和未分配利润转增股本时，应按“利息、股息、红利所得”项目和现行政策规定征收个人所得税。
(3)改变联系，合伙是涉税的。
《中华人民共和国合伙企业法》第二条规定，本法所称合伙企业，是指自然人、法人和其他组织依照本法在中国境内设立的普通合伙企业和有限合伙企业。
普通合伙企业由普通合伙人组成，普通合伙人对合伙企业的债务承担连带责任。本法对普通合伙人的责任形式有特别规定的，依照其规定。
有限合伙由普通合伙人和有限合伙人组成。普通合伙人对合伙企业的债务承担连带责任，有限合伙人以其认缴的出资额为限对合伙企业的债务承担责任。
《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》(财税[2008]159号)规定，根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例和《中华人民共和国个人所得税法》的有关规定，现就合伙企业合伙人所得税问题通知如下:
1.本通知所称合伙企业，是指依照中国法律、行政法规设立的合伙企业。
二、合伙企业应当以每个合伙人为纳税人。合伙企业的合伙人是自然人的，应当缴纳个人所得税；合伙人是法人或者其他组织的，应当缴纳企业所得税。
《中华人民共和国国家税务总局关于个人独资企业、合伙企业投资者个人所得税的规定》(国[2006 54 38+0]84号)第二条规定，个人独资企业、合伙企业对外投资返还的利息、股息、红利，不并入企业所得，应当单独作为个人投资者取得的利息、股息、红利。以合伙企业名义对外投资分为利息或者股息、红利所得的，应当按照《通知》所附《条例》第五条精神，确定各投资者的利息、股息、红利所得，分别按照“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。
《中华人民共和国财政部国家税务总局关于印发〈个人独资企业和合伙企业投资者个人所得税规定〉的通知》(财税[2000]91号)第五条规定，个人独资企业投资者以其生产经营所得全部为应纳税所得额；合伙企业的投资者应当按照合伙企业的生产经营收入总额和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。合伙协议未约定分配比例的，按生产经营收入总额和合伙人人数计算各投资者的应纳税所得额。
前款所称生产经营所得，包括企业分配给个人投资者的收入和企业当年留存的收入(利润)。
根据上述规定，合伙企业以每个合伙人为纳税人。合伙企业的合伙人是自然人的，应当缴纳个人所得税；合伙人是法人或者其他组织的，应当缴纳企业所得税。对合伙企业对外投资返还的利息、股息、红利，按照合伙协议约定的分配比例，确定各投资者的利息、股息、红利收入，个人投资者按“利息、股息、红利收入”应税项目缴纳个人所得税。资本公积是否征收个人所得税的问题与上述个人所得税问题相同，法人和其他组织应当缴纳企业所得税。但企业所得税“符合条件的居民企业之间的股息、红利等股权投资所得”是否作为免税所得适用于法人，没有明确规定。也请关注国家财税机关出台的新文件。
以下地方政策供参考:
北京市国家税务局企业所得税热点问题(2013 11月)。
1.纳税人是居民企业。投资合伙企业取得的利润分配收入能否作为企业所得税的免税收入？答:1。《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条规定:“企业的下列所得为免税所得:……(二)符合条件的居民企业之间的股息、红利等股权投资所得；……"
2.《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第八十三条规定:“企业所得税法第二十六条第(二)项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等股权投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。”
合伙企业不适用企业所得税法，也不是居民企业。目前，国家税务总局尚未颁布合伙企业合伙人所得税的具体政策。因此，居民企业纳税人投资合伙企业取得的利润分配所得，在国家税务总局没有明确规定前，不得作为企业所得税的免税所得。