两条铁路合并的政府与地铁达成了谅解。

2006年4月11日，政府与MTRC就两铁合并达成谅解。行政会议亦通过两铁的合并计划，并就拟议的合并计划签署谅解备忘录，展开两铁的合并安排。但仍需得到立法会和港铁小股东的批准，才能正式合并。当时宣布要一年半甚至更久。MTRC将向KCRC一次性支付42.5亿美元(港币)，获得KCRC铁路网50年的服务经营权(包括本地及跨境运输服务)，并购买KCRC部分铁路资产，但部分铁路资产将继续由KCRC持有。

MTRC的中文名称将改为MTR Corporation Limited [5]，但英文名称(MTR Corporation Limited)将保留。两家铁路公司都被保留了下来。调整公交服务结构。使用八达通支付成人票价至少可以减少20美分，相关的转让费可以取消，中长途票价可以减少一半以上和10%以上。

在合并后的两年内，巴士服务的结构不会作出调整，并会引入一个增减机制，让票价可以根据物价指数和工资指数作出调整。拆除及/或重组两条铁路在同一车站转乘时所经过的闸机(包括九龙塘站、美孚站及南昌站)，并取消有关转乘费用，以方便乘客转乘。

沙田至中环线的细节将尽快拟定，届时将无需支付转让费和提供综合换乘站。这将减少竞争，但有利于乘客。