个人所得税在哪里扣除？

个人所得税由公司在员工工资发放时直接扣除。职工可以享受个人所得税专项附加扣除，通过减少税额来减少应纳税额。比如员工工资6000元，有专项附加扣除。在计算个人所得税时，可以先从工资中扣除这些专项扣除，再根据扣除的金额计算应纳税额。

个人所得税的计算方法:

1.确定应纳税所得额:工资扣除五险一金等法定扣除项目后的余额；

2.适用税率:根据累计预扣法确定适用税率和速算扣除；

3.计算应纳税额:应纳税所得额乘以适用税率，再减去速算扣除数；

4.确定要预扣的税额:要从已预扣的税额中扣除的税额。

综上所述，个人所得税由公司在发放员工工资时直接扣除，并允许员工使用专项附加扣除减少税额，从而有效减少应纳税额。比如员工月收入6000元，可以在计税前扣除专项附加扣除。

法律依据:

中华人民共和国个人所得税法

第六条

1.工资、薪金所得，以月收入减除费用3500元后的余额为应纳税所得额。

二、个体工商户的生产、经营所得，以每个纳税年度的收入总额扣除成本、费用和损失后的余额，为应纳税所得额。

三、企业事业单位的承包经营和租赁经营所得，以每一纳税年度的收入总额，减除必要的费用后的余额，为应纳税所得额。

四、劳务报酬所得、特许权使用费所得、财产租赁所得，每项所得不超过4000元的，减除800元；超过4000元的，扣除20%的费用，余额为应纳税所得额。

五、财产转让所得，以财产转让所得减除财产原值和合理费用后的余额为应纳税所得额。

六、利息、股息、红利所得、偶然所得和其他所得，为每项应纳税所得额。

个人对教育和其他公益事业的捐赠部分，按照国务院的有关规定从应纳税所得额中扣除。

对在中国境内无住所但取得工资、薪金所得的纳税人，以及在中国境内有住所但取得中国境外工资、薪金所得的纳税人，可根据其平均收入水平、生活水平和汇率变动情况确定附加扣除。附加扣除的适用范围和标准由国务院规定。