公司在项目部有两个账户。公司给项目部转账，项目部再支付。公司和项目的会计怎么处理？

所谓两个账，就是项目部对收入和支出做流水账，盈亏仍归公司，或者项目部作为一个核算主体计算盈亏。这是两个概念。

如果项目部保持每日账户，与项目部的收款和付款通过其他应收款记录。

项目部做会计主账的，与项目部的收付记入“支出”，项目部记入上级提取资金。

根据你所说的“项目部成立前，项目发生的费用由我公司直接支付给施工单位，发票和凭证在我公司保管(记入在建工程和长期待摊费用)”。可以判断，项目部只统计收入支出的日常账，并没有作为会计主体独立记录损益账。因此，建议使用其他应收款进行核算。