公司怎么修改系统才合法？

法律分析:公司在研究决定改制经营中的重大问题、制定重要的规章制度时，应当听取公司工会的意见，并通过职工代表大会或者其他形式听取职工的意见和建议。

法律依据:《中华人民共和国公司法》第十八条公司研究决定重组和经营中的重大问题，制定重要的规章制度时，应当听取公司工会的意见，并通过职工代表大会或者其他形式听取职工的意见和建议。