三人合资公司尚未投入运营。有必要出具会计师事务所的审计报告吗？

先说工商审计:工商审计是通过工商年检的审计。根据你的情况，如果不是从事特殊行业的话，是不需要出具审计报告的。

先说税务审计:这次审计的主要目的是确认本年亏损，以便以后年度弥补。但你公司2009年没有经营，没有亏损，不需要审计。估计你是想请工商审计吧。除了特殊行业的需要，贵公司需要审计的可能性还是比较小的。