分行开的独立账户的钱会被扣吗？

不能，根据企业网查询，总公司不能随意从分公司账户扣钱，因为分公司账户和总公司账户是不同的法人实体，有独立的产权。根据法律和合同规定，分行和总行是独立法人，分行的账户资金属于分行，总行不能随意扣划。