公司查出了工资的问题。

1.税收问题:支付现金工资容易导致税收遵从问题。因为现金工资不一定能准确反映员工的真实收入，导致纳税申报不准确，容易导致税务机关的查处。

2.缺乏透明度:现金薪酬缺乏透明度，员工很难了解其薪酬构成和计算方法，也不方便员工查看薪酬。同时，不透明的工资支付方式也可能引起员工的怀疑和不满。

3.难以管理:支付现金工资需要大量的人力物力。公司需要安排专人计算和发放工资，还需要妥善保管员工的个人信息和银行账户信息，避免信息泄露和滥用。

4.无法跟踪记录:现金工资发放后，公司很难对员工的工资发放情况进行跟踪记录，不利于公司对工资数据的管理和分析。此外，如果员工离职或发生劳动纠纷，公司很难提供有效的工资证明。

5.无法享受社保待遇:现金工资可能使员工无法享受社保待遇，因为社保待遇通常与工资挂钩，现金工资可能无法准确反映员工的实际收入，导致社保缴纳不准确。

为了解决这些问题，越来越多的公司开始采用银行代发工资的方式。银行代发工资有以下优点:

1，准确率高:银行可以保证工资发放到员工个人银行账户，避免现金支付带来的误差和纠纷。

2.透明度高:银行发放的工资单通常更加详细，员工可以清楚地了解自己的工资构成和计算方法，方便员工查看。

3.管理简单:银行可以自动代员工处理工资数据，减少了人工记账的误差和复杂性，同时也减轻了公司保管员工个人信息和银行账户信息的压力。

4.可追溯记录:银行代发工资可以生成详细的工资记录和凭证，方便公司管理和分析数据。同时，这些记录也可以在员工离职或发生劳动纠纷时作为有效证明。

5.可以享受社保待遇:银行发放工资可以保证员工社保缴纳的准确性，让员工享受相应的社保待遇。

当然，也有一些问题需要银行注意。首先，公司需要与银行协商代发工资事宜，保证代发工资的顺利进行；其次，公司需要保证员工提供正确的银行账户信息，避免因信息错误导致工资发放失败；最后，公司需要建立完善的内部控制制度，防止滥用职权或挪用公款等不良行为。

综上所述，虽然支付现金工资存在一些问题，但通过采取相应的措施和方案，如银行代发工资，这些问题是可以有效解决的。相比之下，银行工资单具有更高的准确性和透明度，更简单的管理，更好的可追溯性和社会保障福利。因此，越来越多的公司开始使用银行代发工资，以提高公司的管理效率和员工的满意度。

法律依据:

中华人民共和国工资支付暂行规定

第五条

工资应以法定货币支付。不得以实物或有价证券代替货币支付。

第六条

用人单位应当将工资支付给劳动者本人。劳动者因故不能领取工资的，其亲属或者他人可以委托其领取。用人单位可以委托银行支付工资。用人单位必须书面记录员工工资领取的金额、时间、领取人的姓名和签名，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时，应当向劳动者提供其个人工资清单。