哪个部门负责运输？

法律分析:航运由交通部门管理。根据相关法律规定，水路运输经营者委托船舶管理企业提供船舶海事、维修管理等服务的，应当按照相关规定执行。在运输时，我们应注意各种商业运输船舶应遵守国际环境保护条例，以防止对海洋环境的任何损害。如果违反了这些环保规定，比如随意倾倒生活垃圾或者非法转移固体，除了个人的责任，船公司还将面临巨大的财务风险。

法律依据:《中华人民共和国船舶登记条例》第一条为了加强国家对船舶的监督管理，维护船舶登记各方的合法权益，制定本条例。