物流公司是否存在未在规定期限内代为公示年报的问题?

没问题。

如不如期公示,将被工商部门列入黑名单,并向社会公示。同时会受到政府部门的各种限制,可能会面临行政处罚。对企业的声誉影响很大。造成其他损失的,可能承担经济或法律责任。连续三年未按期公示的,该企业将被列入严重违法企业名单和政府采购黑名单(禁止)。企业负责人三年内不得担任其他企业负责人。